artykuły

AMD Ryzen Threadripper 3990X – test 64-rdzeniowego procesora za 3990 dolarów

85
7 lutego 2020, 15:01 Mateusz Brzostek

Kompilacja kodu za pomocą GCC

 

Już 32-rdzeniowy i 24-rdzeniowy Threadripper zdeklasowały wszystkie inne procesory w prędkości kompilowania dobrze przygotowanych, złożonych projektów. 64-rdzeniowy 3990X podnosi poprzeczkę jeszcze wyżej. Warto pamiętać, że procesy kompilacji jądra Linuksa i GCC zostały starannie zoptymalizowane tak, żeby jak najlepiej wykonać te części całego procesu, które da się zrównoleglić. Mniejsze projekty, którym poświęcono mniej uwagi odniosą znacznie mniejszą korzyść z użycia wielowątkowych procesorów do kompilacji.

Symulacja z dziedziny biologii molekularnej – NAMD

NAMD to pakiet oprogramowania do symulacji zachowania cząsteczek i układów cząsteczek złożonych z ogromnej liczby atomów. Powstał na amerykańskim Uniwersytecie Illinois i jest używany głównie w biologii molekularnej. Pozwala badać strukturę oraz zachowanie genów i białek; za pomocą NAMD zbudowano na przykład model kapsydu wirusa HIV – białkowej otoczki chroniącej kod genetyczny wirusa. Takie modele mogą posłużyć do opracowania leków niszczących niepożądane białka dzięki swojemu kształtowi, dopasowanemu do zastosowania.

NAMD wykorzystuje model programowania Charm++, dzięki czemu skaluje się nawet w zastosowaniach superkomputerowych. Został wybrany jako jedno z pierwszych przedsięwzięć naukowych, na które zostanie poświęcona moc nadchodzącego superkomputera Aurora z procesorami Intela. W tym teście symulujemy 3000 kroków ekspresji genu APOA1.

Ten rodzaj symulacji wykorzystuje stosunkowo niewiele pamięci, ale wymaga ogromnej ilości obliczeń i komunikacji między wątkami. Skalowanie nie jest idealne, ale i tak zaskakująco dobre. 3990X jest ponad dwukrotnie szybszy od maszyn, które jeszcze kilka miesięcy temu były szczytem techniki wśród stacji roboczych.

10