artykuły

AMD Ryzen Threadripper 3970X i 3960X – nowy porządek na najwyższej półce

169
25 listopada 2019, 15:00 Mateusz Brzostek

Kompilacja kodu za pomocą GCC

 

W kompilowaniu mniejszego projektu Threadrippery są znacznie wydajniejsze od innych procesorów. Kiedy zadanie jest bardziej ograniczone możliwościami podsystemu I/O dalej są najszybsze, ale już nie z tak dużą przewagą. Warto pamiętać, że procesy kompilacji jądra Linuksa i GCC zostały starannie zoptymalizowane tak, żeby jak najlepiej wykonać te części całego procesu, które da się zrównoleglić. Mniejsze projekty, którym poświęcono mniej uwagi odniosą znacznie mniejszą korzyść z użycia wielowątkowych procesorów do kompilacji.

Symulacja z dziedziny biologii molekularnej – NAMD

NAMD to pakiet oprogramowania do symulacji zachowania cząsteczek i układów cząsteczek złożonych z ogromnej liczby atomów. Powstał na amerykańskim Uniwersytecie Illinois i jest używany głównie w biologii molekularnej. Pozwala badać strukturę oraz zachowanie genów i białek; za pomocą NAMD zbudowano na przykład model kapsydu wirusa HIV – białkowej otoczki chroniącej kod genetyczny wirusa. Takie modele mogą posłużyć do opracowania leków niszczących niepożądane białka dzięki swojemu kształtowi, dopasowanemu do zastosowania.

NAMD wykorzystuje model programowania Charm++, dzięki czemu skaluje się nawet w zastosowaniach superkomputerowych. Został wybrany jako jedno z pierwszych przedsięwzięć naukowych, na które zostanie poświęcona moc nadchodzącego superkomputera Aurora z procesorami Intela. W tym teście symulujemy 3000 kroków ekspresji genu APOA1.

Wydajność obu Threadripperów zdumiewa i pozwala się domyślać, dlaczego procesory Epyc są tak atrakcyjne dla budowniczych superkomputerów.

9