Wiele twarzy głównego bohatera
Alpha Protocol to gra akcji z bardzo mocno rozwiniętymi elementami RPG. Podczas wykonywania zadań głównie przyjdzie Wam zabijać terrorystów i innych typów spod ciemnej gwiazdy. Michael, czyli główny „bohater”, jest człowiekiem wyjątkowo wszechstronnym. Może być doskonałym szpiegiem, ale również świetnym strzelcem czy specjalistą od walki wręcz. To od preferencji gracza zależy, w którą stronę będzie rozwijał umiejętności prowadzonej przez siebie postaci. Rozgrywka w Alpha Protocol odczuwalnie zmienia się w zależności od tego, w czym będzie się specjalizował Michael. Nie są to kosmetyczne różnice, tylko faktycznie kilka różnych sposobów przejścia.
Tworząc postać, mamy do wyboru kilka ścieżek rozwoju, które określają klasę postaci naszego tajniaka. Na początku rozgrywki wybieramy jedną z czterech specjalizacji, a po dodatkowym przejściu gry odblokowuje się jeszcze jedna. Po ukończeniu przygody odblokowaną postacią dostępna staje się szósta: weteran. Dwie dodatkowe klasy to całkiem niezły pomysł na przedłużenie rozgrywki.
Możemy dostosować twarz Michaela do własnych upodobań. Możliwości wyboru aparycji głównego bohatera nie są szczególnie duże, ale lepsze to niż nic. System rozwoju postaci jest oparty na tradycyjnych punktach doświadczenia. Awansując na nowy poziom, postać otrzymuje kilka punktów umiejętności, ale żeby nie było zbyt łatwo, maksymalnie można rozwinąć tylko niektóre z nich. Umiejętności do rozwinięcia to klasyka: skradanie, odporność, lepsza obsługa danej broni itp.
O przynależności Alpha Protocol do gatunku komputerowego RPG decyduje jeszcze jeden element: Michael jest postacią o dowolnym charakterze. Podczas rozmów z postaciami niezależnymi sami wybieramy opcje dialogowe, które wpływają na to, jak postrzegają one bohatera. Praktycznie w każdej rozmowie możemy być życzliwi, agresywni, prześmiewczy, chętni do współpracy, można też flirtować itp. Nastawienie do ludzi również odczuwalnie wpływa na to, co nas spotyka w przyszłości.

