Bogactwo funkcji, od nawigacji samochodowej po dwustrefową rozrywkę audio wideo, obsługiwane jest za pomocą nowego intuicyjnego interfejsu użytkownika. Ilość stałych przycisków jest ograniczona do trzech najczęściej wykorzystywanych, co przyczynia się do estetycznego wyglądu tego modelu.

Moduł nawigacyjny działa na bazie znanego z przenośnych urządzeń Clarion oprogramowania iGO8.3 i łączy w sobie bogatą bazą danych mapowych i punktów POI dla 44 europejskich krajów. Dostępne są także wszystkie najnowsze funkcje jak „Text to Speech” – wypowiadanie nazw ulic wyświetlanych na ekranie, również w języku polskim (np.: „za 150 metrów skręć w lewo w ulicę Marszałkowską...”) czy wyświetlanie znaków drogowych przy rozjazdach na autostradach. Dane mapowe zawierają realistyczne widoki 3D - budynki, punkty orientacyjne oraz ukształtowanie terenu w całej Europie.

Sekcja audio wyposażona jest w funkcję BBE-MP, dzięki której przywracane są niektóre elementy (głównie w zakresie najniższych i najwyższych częstotliwości) dźwięku utracone podczas kompresji do formatów MP3 czy WMA. O wysoką jakość odtwarzania muzyki ma dbać 24-bitowy przetwornik cyfrowo-analogowy.

NX509E oferuje też funkcję dwustrefowej rozrywki. Technologia ta umożliwia stworzenie w samochodzie dwóch oddzielnych stref, dzięki czemu pasażerowie na tylnych siedzeniach mogą oglądać film DVD, DivX lub wideo z iPod'a czy iPhone'a na zamontowanych monitorach sufitowych lub w zagłówkach, podczas gdy osoby na przednich siedzeniach słuchają ulubionej stacji radiowej lub muzyki z pamięci USB i korzystają z nawigacji.